Polipeptidinės peptidinės grandinės projektavimo schema ir sprendimas

I. Santrauka
Peptidai yra ypatingos makromolekulės, todėl jų sekos yra neįprastos savo cheminėmis ir fizinėmis savybėmis.Kai kuriuos peptidus sunku susintetinti, o kitus palyginti lengva, bet sunku išvalyti.Praktinė problema yra ta, kad dauguma peptidų yra šiek tiek tirpūs vandeniniuose tirpaluose, todėl mūsų gryninimo metu atitinkama hidrofobinio peptido dalis turi būti ištirpinta nevandeniniuose tirpikliuose, todėl šie tirpikliai ar buferiai gali būti labai nesuderinami su naudojimu. biologinių eksperimentinių procedūrų, todėl technikai griežtai draudžiama naudoti peptidą savo tikslams, todėl toliau pateikiami keli mokslininkams skirtų peptidų kūrimo aspektai.

Polipeptidinės peptidinės grandinės projektavimo schema ir sprendimas
Antra, teisingas sintetinių sunkių peptidų pasirinkimas
1. Bendras žemyn reguliuojamų sekų ilgis
Peptidus, kuriuose yra mažiau nei 15 liekanų, gauti lengviau, nes didėja peptido dydis ir mažėja neapdoroto produkto grynumas.Kadangi bendras peptidinės grandinės ilgis padidėja daugiau nei 20 likučių, pagrindinis rūpestis yra tikslus produkto kiekis.Daugelio eksperimentų metu lengva gauti netikėtų efektų sumažinus likučių skaičių žemiau 20.
2. Sumažinkite hidrofobinių likučių skaičių
Peptidai, kuriuose vyrauja daug hidrofobinių liekanų, ypač 7-12 likučių nuo C galo, dažniausiai sukelia sintetinių sunkumų.Tai vertinama kaip netinkamas derinys būtent todėl, kad sintezės metu gaunamas B formos lapas."Tokiais atvejais gali būti naudinga konvertuoti daugiau nei dvi teigiamas ir neigiamas liekanas arba į peptidą įdėti Gly arba Pro, kad būtų atrakinta peptido kompozicija."
3. „Sudėtingų“ likučių sumažinimas
"Yra daugybė Cys, Met, Arg ir Try likučių, kurie paprastai nėra lengvai sintezuojami."Ser paprastai bus naudojamas kaip neoksidacinė Cys alternatyva.
Polipeptidinės peptidinės grandinės projektavimo schema ir sprendimas

Trečia, patobulinkite tinkamą vandenyje tirpių medžiagų pasirinkimą
1. Sureguliuokite N arba C galą
Palyginti su rūgštiniais peptidais (ty neigiamai įkrautais, kai pH 7), neigiamam krūviui padidinti ypač rekomenduojamas acetilinimas (N-galo acetilinimas, C galas visada išlaikant laisvą karboksilo grupę).Tačiau baziniams peptidams (ty teigiamai įkrautiems esant 7 pH) ypač rekomenduojamas aminavimas (laisvoji amino grupė N-gale ir aminacija C-gale), siekiant padidinti teigiamą krūvį.

2. Labai sutrumpinkite arba pailginkite seką

Kai kuriose sekose yra daug hidrofobinių aminorūgščių, tokių kaip Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr ir Ala ir kt. Kai šios hidrofobinės liekanos viršija 50%, jos paprastai nėra lengvai ištirpsta.Gali būti naudinga pailginti seką, kad dar labiau padidėtų teigiami ir neigiami peptido poliai.Antrasis variantas yra sumažinti peptidinės grandinės dydį, kad padidėtų teigiami ir neigiami poliai, sumažinant hidrofobines liekanas.Kuo stipresnės teigiamos ir neigiamos peptidinės grandinės pusės, tuo didesnė tikimybė, kad ji reaguos su vandeniu.
3. Sudėkite į vandenyje tirpų likutį
Kai kurių peptidinių grandinių atveju kai kurių teigiamų ir neigiamų aminorūgščių derinys gali pagerinti tirpumą vandenyje.Mūsų įmonė rekomenduoja rūgštinių peptidų N-galą arba C-galą derinti su Glu-Glu.Buvo pateiktas pagrindinio peptido N arba C galas, o tada Lys-Lys.Jei įkrautos grupės negalima įdėti, Ser-Gly-Ser taip pat gali būti dedamas į N arba C galą.Tačiau šis metodas neveikia, kai negalima pakeisti peptidinės grandinės pusių.